En 1789, la Révolution interdit l'ordre des Frères prêcheurs qui doivent abandonner le couvent. Si ce dernier est fermé, il ne souffre pas trop des exactions dont sont victimes certains édifices religieux à cette époque. Par précaution, en 1791, les reliques de Saint Thomas d'Aquin sont transférées à la basilique Saint-Sernin.
En 1804, le couvent devient propriété de la Ville de Toulouse.
La période noire débute en fait en 1810, quand Napoléon réquisitionne les lieux pour y installer l'armée. En 1812, pour adapter les lieux aux besoins d'une caserne, des planchers sont créés dans l'église. Une écurie est installée au rez-de-chaussée, le matériel et l'armement remplacent les bancs et les autels. Les militaires installent leurs dortoirs à l'étage.
La chapelle Saint-Antonin sert d'infirmerie aux chevaux morveux
Toutes les parois de l'église sont recouvertes d'un badigeon, les vitraux sont détruits. Le réfectoire devient un manège à chevaux et la chapelle Saint-Antonin une infirmerie. Une des galeries du cloître est détruite et remplacée par un auvent qui abrite une forge.
Certains érudits toulousains s'insurgent contre ce massacre. Ils ne sont pas écoutés et l'armée envisage même de détruire le monument, malgré son classement en 1841. L'armée accepte finalement de partir en 1861, en échange d'une nouvelle caserne.