Prosper Mérimée, à l'occasion d'une de ses tournées, découvre les Jacobins en août 1845. Inquiet des dégâts causés par l'armée, il charge l'architecte Viollet-le-Duc d'effectuer des relevés précis du monument.
L'armée finit par quitter les bâtiments en 1865. Mais les premiers travaux n'interviennent qu'en 1905 : enlèvement des planchers intermédiaires, remise en état de la charpente et des toitures, évacuation des remblais de terre.
A partir de 1923, les baies sont rouvertes et dotées de nouveaux vitraux. Entre 1953 et 1963, les chapelles sont reconstruites.
Enfin, entre 1965 et 1967, les peintures murales sont dégagées, les décors géométriques restitués. Les travaux s'achèvent en 1974. L'église est alors rendue au culte et les reliques de Saint Thomas d'Aquin réinstallées sous l'autel.
Maurice Prin, un passionné
Cet apprenti ébéniste a 15 ans lorsqu'il visite le couvent en 1943. Passionné par l'histoire, il est associé aux études archéologiques puis embauché comme gardien en 1952. Ses découvertes, durant les travaux conduits par l'architecte Sylvain Styrn-Popper, permettent la reconstitution du cloître.